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根据《中华人民共和国港口法》和中共钦州市委办公室、钦州市人民政府办公室《关于印发〈钦州市港口管理局主要职责、内设机构和人员编制规定〉的通知》(钦市办〔2004〕53号)的规定，钦州市港口管理局为钦州市人民政府主管全市港口行政管理的工作部门。主要职责如下：
(一) 贯彻执行国家有关法律、法规和规章，结合本市实际制定有关港口管理的实施办法，并组织实施。
(二) 按照全市社会经济发展计划和城市总体规划，编制全市港口总体规划和年度计划，并组织实施；依据有关法律、法规和港口总体布局规划，对全市港口的岸线、陆域、水域和水运实施统一的行政管理。
(三) 负责全市港口公共设施(指公用的进出口航道、防洪堤、锚等)的规划、建设和管理工作；负责全市港口建设项目的审核工作。
(四) 负责全市港口建设管理，对港口建设项目的工程质量实施监督。
(五) 负责对全市港口经营秩序、环境保护等实施监督和管理，维护港口生产经营秩序。
(六) 依法制定可能危及社会公共利益的港口危险货物事故应急预案。重大生产安全事故的旅客紧急疏散和救援预案以及预防自然灾害预案，建立健全港航重大生产安全生产监督管理，负责港区危险货物作业泊位、库场区域范围的划定，并实施监督。
(七) 负责港口有关行政性收费的征收和代征；对港口经营企业经营性收费项目和价格，按有关法规的规定实施监督和管理。
(八) 负责协调国家重点物资、军事及抢险救灾等物资的港口运输管理。
(九) 负责管理全市沿海港口船舶的指泊、引航工作。
(十) 负责全市港口信息的汇总、统计、上报和管理工作。
(十一) 负责对《港口法》执行情况实施监督检查。
(十二) 负责全市港口作业人员技术、业务培训，考核和发证管理工作。
(十三) 承办市政府交办的其他事项。
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