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综合科：协助局领导组织协调日常工作和部门间工作；负责文秘、保密、档案、信访接待、机要、宣传、会务、收发工作；起草本局工作计划、总结和有关文稿；负责党务、党建、纪检、监察、计生以及工青妇等方面的日常工作；负责政务信息、印信管理工作；负责离退休人员的服务工作；负责干部人事、劳动工资、安全生产、职工教育、技术职称与技术等级管理、劳动保护工作；、负责日常办公用品及设备的统一采购和管理；负责车辆的管理和调度；负责后勤服务和管理工作。
计划财务科：负责编制单位部门预算，定期检查总结预算执行情况，严格遵守国家财经纪律，执行财务管理制度；负责职工工资、劳务费、各种福利补贴的发放和管理，各种开支报销和旅差费的检查审核；准确、及时编制各种财务报表；按时清理债权、债务，防止拖欠，严格控制呆帐，减少损失；负责监督和审核仪器设备和各种会议的开支费用，各种设备维修和基本建设等的重大支出；按照财政、物价部门批准的统一收费标准收费；负责管理国有资产账务，监督各部门物资的管理，协助有关科室定期检查库存和使用保管情况；负责职工住房公积金管理和纳税申报及缴交等工作；负责审核测站支出单据，及时拨付测站工作经费；不定期组织有关财务人员对测站财务工作进行指导、审计和监督；负责做好财务会计资料的分类、立卷、归档和保管等工作；分析单位资金运行动态，管理、监督经费的使用并合理调配资金和资源；每季度向局领导汇报财务运行情况。
建设管理科：负责组织基建、技改及维修项目的立项、概算、设计、预算、决算，按时上报分局及所属测站的基建项目进度，进行质量检查及竣工验收和各种报表的编制、上报以及投资效益分析；负责水文基础设施和测验设施的建设、维修，指导测站开展相关方面的工作；负责基建器材、物资采购计划和固定资产、物资、器材的管理，完善固定资产档案；负责本系统流速仪及其它仪器的送检，负责分局大院的水电线路的改造、安装和维修工作；指导和检查测站的仪器、器材以及测验设备的养护维修工作；协同站网监测科开展仪器测具的试验研究，引进和推广应用新技术。
站网监测科：负责新建水文站的查勘、方案编制与上报；负责本辖区站网普查、分析评价及调整方案的编制；负责编制站网中长期规划，制定本辖区站队结合实施方案；贯彻执行各种技术标准规范，督促检查测站执行情况，统一辖区技术标准；负责测站任务书及测验方案的编制；负责测站测验技术检查、指导，布置和组织开展水文测验方法的研究及新技术、新仪器设备的推广应用；负责重要水文站的水位、流量频率分析计算及成果汇编；对外承担区域水资源分析评价和有关水文分析计算工作；负责组织分局年度计划水文资料的审查，负责资料表检，参加全区水文资料复审、验收；负责测站在站资料整编业务技术指导、组织学习电算业务技术，协助开展职工教育、培训工作；负责广西水资源公报、简报本辖区有关水文资料的收集、上报；负责广西泥沙公报本辖区有关资料的收集、上报；负责水文资料、科技档案、文献的保管与借阅；负责水文数据库的建设与运行管理。
水情科：负责钦州水文系统情报业务指导；负责组织编制和修订辖区重要的洪水预报方案，做好主要河段高洪以上洪水预报三级会商和统一发布工作，为防洪抢险提供实时水文信息；洪后及时了解辖区通讯设施受损情况，积极申报争取上级补助经费并提出修复计划；掌握辖区水情信息（含风暴潮），及时向防汛抗旱指挥部门报告灾害性水情，做好水情报务工作；贯彻执行部颁水文情报预报的有关规范、规定，提高水情情报质量；参与分局组织的洪水淹没调查及编制各种防洪图表和手册；负责辖区水文报汛通讯线路的规划、建设、维修和更新改造计划；继续健全完善辖区水文防汛无线电通讯网络、水文自动测报及分局局域网的管理；严格执行水情值班制度。
水质监测科：负责辖区内水质站网规划、调整的查勘工作；负责辖区内水质站水质采样的指导工作；按《水环境监测规范》（SL219-1998）和区水环境监测中心《质量手册》、《程序文件》的要求，开展辖区内水环境的常规监测和动态监测工作；承担辖区内各水功能区的水环境监测和评价工作，并发布水质通报；负责辖区内重要水源地的水质监测、评价和发布水质月报工作；负责实验室室内质量体系内部审核和管理评审；参与辖区内入河排污口的调查工作；对突发性水污染事件进行跟踪监测工作；负责水质监测设备、仪器、化学试剂的管理和购置计划的制定；负责辖区内年度水质资料整编工作；负责辖区内取水许可的水质监测与评价；协助水行政主管部门对水资源保护实施监督管理。
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