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钦州出入境检验检疫局现内设7个科室，分别是办公室、检务科、财务科、检验检疫一科、检验检疫二科、码头检验检疫科和综合技术服务中心，各科室的基本职能如下：
办公室：协助局领导协调和处理机关日常事物；负责组织、协调办理上级机关交办事项，并检查督促落实情况；负责本局公文收发管理工作；负责政治思想和纪检监察工作；负责来信来访的处理工作；负责宣传和政务信息工作；负责人事、劳资管理工作，负责法制、党务、工青妇、计生管理等工作。
检务科：首问责任制主要负责部门。负责受理出入境货物的报检工作；负责全局检验检疫业务计费、证单的复审、缮制及发放工作；负责报检单位、报检员、原产地证的培训和管理工作；负责全局业务证单档案的管理工作；负责“三电”工程推广和大通关建设的各项工作；负责全局检验检疫工作质量督查管理等工作。
财务科：负责本局的各项收支预算；负责财务会计工作，编制财务会计报告；负责基建财务核算工作；负责国有资产管理工作；负责检验检疫收费工作，按照规定的收费标准组织收费；严格管理财务印章和有关票据等工作。
检验检疫一科：负责出入境动植物产品、食品、化妆品等商品的检验检疫；负责辖区出入境动植物及其产品的生产、加工等厂场和进出口食品企业卫生注册和登记工作的初审上报、评审考核工作；负责对注册和登记的企业实施日常的监督检查工作；负责国内外动植物疫情信息的收集上报，检疫审批初审工作；承办上级下达的疫情监测，制定防疫计划并组织实施。
检验检疫二科：负责法检进出口化工、矿产品、金属、林化产品、机电和包装产品的检验、证书签发和监督管理工作；受理法定商品检验鉴定结果申诉，复验工作；承办上级交办生产需实施出口质量许可证制度商品的企业的考核和监督检查。
码头检验检疫科：负责出入境交通工具、集装箱、人员、货物的卫生检疫查验、传染病监测、卫生除害的监管工作；负责口岸突发公共卫生事件的处理工作；负责法检商品的重量鉴定、残损鉴定及出证工作；负责船舶货物的扦样工作；负责进口矿产品、废料的查验及放射性监测工作；负责边贸特殊商品（煤、矿等）的检验检疫、鉴定及出证工作；负责钦州港口岸公共场所、食品生产经营单位、二次供水等服务行业和仓储的卫生监督、管理、发证等工作。
综合技术服务中心：按有关规定，承担委托检验、鉴定和非法定检验检疫鉴定工作；负责实施检验检疫卫生除害处理工作；负责机关后勤保障服务工作。
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