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一、工委、管委办公室：对应市委、市政府办公室和市委宣传部等部门。主要负责文秘、办文办会、接待、来信来访、信息、督查、机关后勤、内保和对外宣传工作。
二、纪工委：对应市纪委、市监察局，主要负责纪检监察等工作。
三、工委组织部（人事劳动和社会保障局）：对应市组织、统战、人事等人民团体。负责党的组织建设、人才引进、招聘、工资福利、群团组织等工作。
四、经济发展局：对应市计划、经贸、商务、交通、物价、统计、技监、旅游等部门。负责制订社会及经济发展计划、按市级权限审批开发区内固定资产投资、技术改造项目建议书、可行性研究报告及下达基建计划，审批三资企业及 " 三来一补 " 可行性报告、合同、章程，管理开发区交通运输、工业、商务、流通、旅游、外贸和糖酒类行业等经济行业，并进行物价、统计等职能管理。
五、社会工作局：对应市农业、林业、畜牧、水利、乡镇企业、科技、教育、文化、体育、卫生、计生、民政、武装、扶贫等部门。负责管理开发区的农业和农村工作以及科教文卫体等社会事业。
六、规划建设办公室：对应市建规委、环保等部门。主要是受市建规委的委托负责核发《建设用地选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》。负责开发区工程项目管理、招投标、进行工程质量监督；管理开发区房产开发及房产市场，管理基础设施和市政公用设施等工作。
七、国土资源分局：是对应市国土资源局，系市国土资源局的派出机构。根据钦州市国土资源局的委托授权办理开发区的土地征用、划拨、出让、转让、出租手续，实施土地、海洋和矿产资源管理，办理国有土地使用权的出租、转让、抵押登记手续，代发《建设用地批准书》、《国有土地使用证》、《集体土地使用证》《海域使用证》和《采矿许可证》。
八、财政分局：对应市财政局，系市财政局的派出机构。负责组织实施钦州港经济开发区的财政预算收支计划、财税政策宣传、财政改革、财政监督等工作；执行市制定的财政、预算、税收、财务、会计等方面的具体规定和管理制度；负责管理和指导开发区的会计工作、监督各行政机关、企事业单位的财务活动等职责。
九、招商局：负责开发区招商引资的项目宣传、策划、洽谈、项目建设跟踪服务管理等工作。
十、安全生产监督管理局：主要负责对开发区安全生产情况的综合监督管理，负责开发区生产安全事故的应急救援及事故调查处理工作。
十一、工商分局：负责开发区各类企业和个体工商户的注册、登记、发照、年检；进行商标管理、公平交易和广告管理工作，审批广告经营业务，核发《广告经营许可证》。
十二、地税局、国税局：分别对应市地税局、国税局。根据分管税种对在开发区内注册登记的企业进行税收征管，并按各项有关优惠政策，审批办理开发区内企业、个人的税收业务。
十三、公安分局：对应市公安局、国家安全局。负责管理开发区常住人口、暂住人口和治安管理，维持开发区社会稳定等工作。
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